月10日大明南北各地相继发生旱涝，灾情严重，先是黄河决堤水淹河南承宣布政使司开封府，再到河南府陕州、灵宝县，附近一带府州县大雨不止，漂没人畜不计其数。
北直隶京畿通州三卫大风大雨连绵，漂损漕米八千一百七十三石。
月21日，江北蝗灾、陕西承宣布政使司大旱、江南大雨，据明户部右侍郎：孙丕扬，上奏称“黄河饥民食草木，陕西承宣布政使司富平县、蒲城县、同官县，等诸县皆食石头，今海内困于加派，请酌定岁用，清难裁之冗，息难支之民。”
明神宗见饥民以石为粮，立刻传令停止先年不时征取，并派遣官员分往各方进行救济。
11月初9日明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，在经过一年休养生息之后，还经常前去讨好大明辽东都指挥使司，向明太子太保兼辽东总镇总兵：李成梁，送礼以及把自己的长子：爱新觉罗·褚英，送去李总镇总兵府当做人质。
以此来保证建州左卫军民指挥使司听命于大明帝国，归属于辽东都指挥使司统辖区内，毕竟自己刚刚干掉了李太保要拥立的对象，明苏克素浒河部图伦城主：佟佳·布录（汉名：尼堪外兰）对于这种极限挑战，要是没有把柄在别人手上，那么下一个被灭的，将会是建州左卫军民指挥使司。
所以这种密切的关系，使得明辽东总镇总兵：李成梁，很是看重。
他一方面继续实行大明帝国的政策，对于边疆外族采取「扶弱抑强」的做法，一方面又大力支持建州左卫军民指挥使司这个刚刚崛起的女真部族，作为铲除辽东都指挥使司女真各部势力的对象，称为〈以夷制夷〉攻略。
再加上之前明建州左卫军民指挥使又曾是自己府中的用人，故此双方也比较了解，可以互相利用。
明万历十六年公元1588年正月初9日，在湖广承宣布政使司黄州府蕲州有百姓：刘汝国，因之前参加梅堂军领导的农民造反事件，又在梅堂军首领：王安，被杀之后继任首领。
现在被明军追捕潜逃到了湖广承宣布政使司黄州府，与南直隶安庆府太湖县、宿松县，一带地区重新集结力量抗明，自称为「顺天安民王」。
恰好时值旱灾，饥民多数从之，队伍迅速发展到了数万人，以焚烧官府、驿站，劫掠富商乡绅田产粮食为生，用来救济广大饥民，并与官军展开殊死搏斗。
先后杀死明安庆卫指挥使：陈越、明黄州府判官：陈策，使得朝廷惶恐不安！遂命令湖广都指挥使司各地卫所和南直隶五军都督府调集大批军队，分兵进剿围攻梅堂军。
2月初3日，梅堂军首领：刘汝国，被明军围困在安庆府地区，让太湖县乡兵：张惟忠，给抓获献俘明军斩于安庆卫指挥所，部众二百五十余人全部遇难，此次梅堂军造反失败。
月21日晚上戌时，南直隶苏州府、松江府，等地东风怒卷，导致太湖水涨潮高达二丈，大风拔木仆屋，田禾皆被淹没。
月2日以后又有大雨经旬，昼夜不绝，禾苗腐烂庐舍漂没，居民大饥，复又起大疫，迫使米价暴涨，斗米白银二钱、斗麦白银一钱。
时人啖糠屑，以豆饼作粥，继而又以草根树木为食，饥民尸体甚多，饿殍填塞，街巷濠堑浮死遍野，舟船皆不能行，城内外积骸如山。
朝廷不得不下发南直隶各部衙门银，用来赈灾安民以定人心。
9月20日，因明甘肃总镇总兵：刘承嗣，约束太严，时常鞭挞部下，饷银又不按时供给，惹得部众遂反抗起事，持刀欲杀明甘肃总镇巡抚：曹子澄，以此来要挟陕西行都指挥使司都司府发放军饷。
朝廷得知后立刻罢免了明甘肃总镇巡抚：曹子澄，和明甘肃总镇总兵：刘承嗣，的官职发放去陕西行都指挥使司肃州卫边疆。
10月初日，明都察院右都御史兼总督河道：潘季驯，建议河防八事，上奏道“一；久任部臣，说水性有顺逆，河情有分合，地势有险夷，只有久任才能熟悉情况。二；责成长令，说理河如理家，今沿河州县长犹家长，调集夫役，备办物料，宜有专责，州府县官亦有总理之责。三；禁调官夫。四；预定工科。五；立法增筑。六；添设堤官。七；加帮填土。八；接筑旧堤。”
这八条治理黄河、长江，决堤之道均被明神宗批准录取。
明万历十七年公元1589年3月初9日，因以往被升任授的官员皆需要入朝觐见皇帝陛下，当面叩头谢恩。
然而久不视朝的明神宗：朱翊钧，却再一次令内官传旨道“奏对数多，不耐劳剧，不临朝视政。”
并传令免去在京升任授官的面谢礼，此后明神宗视朝越来越少！
3月16日因云南承宣布政使司永昌军民府地方，之前招募了川、楚、粤，三处亡命之徒为兵，分立在腾冲卫军民指挥使司、姚安中屯守御千户所两营。
以明大理府副总兵：刘綎，统领腾冲卫军民指挥使司军营，明楚雄府副总兵：邓子龙，统领姚安中屯守御千户所军营。
由于结果两营主帅持功骄傲不服对方，再加上管理范围有冲突，导致两营发生斗殴事件，地方官员上报朝廷明神宗又因二将皆有功而视之不见。
仅仅只是把刘副总兵调走，换了明永昌军民府副总兵：刘天俸，上任他本人属于地方土司血统再加上性格暴躁，经常放纵士兵欺负百姓被抓。
于是就让明楚雄府副总兵：邓子龙，来兼管两营，但明楚雄府副总兵却偏袒自己的老部下姚安中屯守御千户所军营，苦的累的活都让腾冲卫军民指挥使司军营来做。
吃饭的时候姚安中屯守御千户所军营的膳食，更是腾冲卫军民指挥使司军营的两倍，结果导致姚安中屯守御千户所军营养成了骄奢的习惯，因索要军饷不成而造反，叛军毕竟是职业军人，所以战斗力极其强大。
在教场上面树起大旗，杀掠居民，抢夺马匹，声称要赏银，并聚众一路往西杀入永昌军民府永平县因城门尽闭不得入，再加上大理府大罗卫、洱海卫，两处明军追击而来，迫使叛军转入大理府太和县，沿途剽掠军民。
消息很快就引得明黔国公兼太子太保：沐昌祚，明云南巡抚兼都察院右佥都御史：萧彦，一起督兵夹击斩杀八十四人，俘获六百八十人，叛军不得已诈降，败逃云南府安宁州、武定军民府、姚安军民总管府。
月初日广东承宣布政使司南雄府始兴县僧人：李圆朗，在朔源村下洞水宝庆庵内造妖，煽动人心，言有易死还生，先天演禽及剪纸为人马之术。
夜间则飞动并飞劫杀人诸秘法，诡称韶州府翁源县人：王子龙，为齐冲天将军兼金统帝：黄巢，之后，有金统帝遗产十二窑，愿从者可瓜分之。
又称王子龙乃弥勒降生，子丑年天有大灾，鬼将食人，捐资自投者给米符可免。
就这样经过一番舆论准备之后，妖僧：李圆朗，就与王子龙聚集南雄府始兴县、韶州府翁源县两地白莲教徒数百人，开始发动武装造反，并分兵到处杀害富商祭旗鸣金，又出兵攻打南雄府附近县城，声势甚大。
受到了广东承宣布政使司南雄府官员重视，集结好乡兵进行镇压，王子龙被抓斩首，妖僧李圆朗则在月初9日被，明督察院右都御史兼南赣巡抚：秦耀，俘虏五马分尸。
月20日，明兵部尚：赵焕，根据明都察院左佥都御史兼福建巡抚：周寀，的建议以漳州府沿海居民贩海通倭寇为由，规定东、西二洋，各派船只四十四艘，不得超过限额。
6月初6日，北直隶河间府沧州、静海县、吴桥县，一带运河地区刮起大风，漕船互击淹溺二十三人，失去漕米三千一百五十七石。
同时明云南巡抚：萧彦，调集云南都指挥使司的滇军以及土司兵，对叛军进行围剿，于6月11日彻底平定，明楚雄府副总兵也因此被调去广西承宣布政使司。
9月1日明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，在解决了建州女真栋鄂部问题之后，因有栋鄂部首领：栋鄂·何和礼，前来率部投降，再加上建州女真苏完部首领：瓜尔佳·索尔果、建州女真雅尔古部首领：佟佳·扈尔汉，均率部来降使得建州左卫军民指挥使司兵力大增。
当即决定厚待来投诸部女真首领，对苏完部首领：瓜尔佳·索尔果，长子：瓜尔佳·费英东，授封为「一等大臣」在把台吉：爱新觉罗·褚英，长女：爱新觉罗·东果，许配给栋鄂部首领：栋鄂·何和礼，在收雅尔古部首领：佟佳·扈尔汉，为养子赐姓〈觉罗〉。
并在孙女婿栋鄂部首领：栋鄂·何和礼，的挑拨离间之下让明建州左卫军民指挥使借着回师之际，趁机攻打王甲城灭了建州女真完颜部，以报自己灭族之仇。
就这样建州左卫军民指挥使司开始转而回师，进去了王甲城地区，建州女真完颜部首领：完颜·荪扎秦光衮，得知好友归来，自然是毫不犹豫地下令开门迎接。
因此建州左卫军民指挥使司军队进城之后，随之而来的便是气势汹汹地栋鄂女真部军队，慌乱之时建州女真完颜部首领连忙布置城防，以及下令关闭城门。
还祈求建州左卫军民指挥使帮助他对抗外敌，谁知明建州左卫军民指挥使却要他投降献城归顺。
眼看城下栋鄂女真部军队攻城很急，由不得他考虑太多！情急之下建州女真完颜部首领便答应了要求。
这下明建州左卫军民指挥使才在城楼上面示意停止攻城，仅仅只是捆绑了完颜·戴度墨尔根，作为双方各退一步的筹码斩杀。