万历十六年四月中旬，帝驻跸孔府。期间经筵所论被随行记者记录，通过报纸自山东向全国扩散。
六月初三，皇帝大驾至淮安祭拜祖陵、视察水利并研究迁移祖陵方案。此时帝国上层士人无不知“今圣”之说，而皇帝欲迁祖陵以保江淮民生的事迹也广为人知。
淮安府九县二州民众听说皇帝欲迁祖陵以保生民，无不感恩涕下。家有余财者，欲兴土木为皇帝建生祠。锦衣卫以“皇帝人神之主，建生祠未知礼法如何”报闻。
皇帝在行在览奏，急召江淮巡抚制止，避免民众为此靡费。民间闻之，鼓吹朝廷允建声浪汹涌，行在通政司每日收到民众上奏请建生祠的奏章百余封。各地报纸无不鼓吹朝廷倾听民意，解决民众对皇帝的敬仰需求。
阁臣申时行建议将皇帝画像雕版印刷，供士民于家中供奉，以纾民心民意，皇帝嘉纳之。于是，从万历十六年起，皇帝画像逐渐遍及天下。与财神爷、灶王爷、门神相比，皇帝画像受到的待遇要好些，一般都在民家正堂。
随着圣驾向南方移动，皇帝声威日隆，江南民间无不以接驾为荣。凡行在所在，帝辇途径之地，民众往往自发围绕，欲一睹圣颜。梁梦龙等为了安保诸般事项，苦恼的头都大了。
凡皇帝驻跸之州府，其地民众的脖子恨不能仰到后背，而未能获得接驾之地方，官员则被士民指责——施政必是有不合皇帝意的地方，否则皇帝怎么不经过我们府县呢。
至于士人对“今圣”之说的看法，则爆发了较大的争议。赞同者说，皇帝不仅以“三论”总结并发挥了中国先哲的思想，并大兴格物之说解释万物——这本就是圣哲才能具备的能力。例如，格物学用三棱镜解释了光的组成，医学用显微镜解释了细菌致病的机理，都是今圣畅导格物之功。
反对者则说，皇帝三论之说，并未脱离先圣窠臼，所谓论实践，用孔子“学而时习之”就可以高度概括，不过是“知行相资以为用”；所谓论矛盾，无非是“新旧相除”的发展；只有大学摆证明的“论运动”，让时人的对“绝对运动”这一哲学命题有耳目一新之感——但比肩孔圣？还是等将皇帝盖棺论定之后再说吧。
在各地报纸上讨论这些的章，一时间把读者们搞得头大。所谓“君子之德风，小人之德草，草上之风，必偃。”虽然皇帝畅导有教无类，但对于能在报纸上发表章的“君子们”而言——我们在讨论哲学，你们闭嘴等着就行了。
但是申时行行动起来了，在圣驾即将抵达南京的时候，朝廷发出公，要求各地所有学校和讲学之所必须悬挂皇帝像，并将皇帝的学说纳入必修课程。皇帝在日理万机的闲暇，也与申时行讨论一些历史唯物主义、辩证唯物主义，以及宇宙观、进化论等内容。
尽管只鳞片爪，但申时行领导着翰林院呢，自有大儒为皇帝辩经。他们将古往今来能与皇帝思想对应的古翻找出来，表明皇帝思想源流上古并振隳发扬，言辞质朴而博大精深。因事关重大，朱翊钧很大一部分精力要放在这方面，称得上殚精竭虑。
另一方面，皇帝也下批示给皇家科学院，组建地理、考古和生物考察队等，满世界寻找能够论证皇帝理论的实物证据。但有发现，朝廷的宣传机器就会动员起来，反复证明其理论的合理性。
一时间，申时行圣眷日隆，红得发紫。梁梦龙心下着慌，带着政改专班日夜研究新的政改方案，寻到机会就与皇帝讨论。见申、梁二人如此，许国就把行在奏章批答的事情多干些，在圣眷上也不输二人多少。
万历十六年七月，潘晟因病致仕，赐二等伯爵，皇帝赠“休休有容”，并许驰驿，政事堂再次缺人。朱翊钧经过深思熟虑，并与梁梦龙商量，将王锡爵荐推入政事堂。
此时皇帝卤簿大驾正在苏州。王锡爵入阁后，又以伴驾之功被皇帝给假半月，用以夸耀乡里。
苏州作为天下首郡，有明以来，大概上缴了朝廷全部钱粮、税款的十分之一。皇帝让王锡爵入阁并给假，令这个早就不堪重负的经济重镇士气大振。
虽然王锡爵全力以赴的低调，但整个苏州城仍轰动了。王锡爵家中喜气洋洋不提，这个苏州城都因为皇帝的善意而张灯结彩。
朱翊钧在苏州游玩了两天，在接见知府时，又赐字“浩浩姑苏”，以表彰苏州府在大明立国之后的功绩。
同时，皇帝大笔一挥，将历年积欠一概减免，从根源上消除了官府利用积欠欺压苏州地主的可能——反正这些积欠已经欠了一百多年，早就收不上来了。
八月桂花飘香的时节。南京占地超过一千五百亩的魏巍皇城再次迎来了帝国的主人。
自武宗南巡以后，朱翊钧是再次到达南京的皇帝。江南一代耄耋老人依稀还记得，武宗南巡带来根植于他们童年的恐惧。
从武宗当年随心所欲的扰民、勒索过程中，江南人大概形成了一种模糊概念，也许皇帝这东西本身是邪恶和荒诞的。它不是人民的慈父，相反——这东西反倒是恶贼，也许没有它更好咯。
如今这些概念被重新定义了。皇帝此次南巡，除了偶尔的封锁道路，没有任何滋扰地方之举。相反，每到一地，皇帝时常减免当地的钱粮，并派出大量官员宣讲祂的德政。
所以，当煌煌宫城的大门再次打开，皇帝銮驾在礼乐声中进入期间时，围观的人眼中有些竟然充满了泪水，高呼万岁之声不绝于耳。
在申时行的奏请下，皇帝在洪武门城楼上接受了南京市民的朝拜，南京民众于是见识到了十二旒冕，十二章绣于裳的最新神像。
皇帝在城楼上呆了半刻，抬起手臂从左至右摆了几次手臂，就把人群激动的仿佛要爆炸，呼喊万岁之声直冲天际。
待走下城楼时，朱翊钧压抑着翻滚的情绪，对陪侍的梁梦龙等臣道：“中国的百姓是最容易满足的，如果朝廷连分内的些微事情都做不好，就应该先存了愧对他们的心思。如果因为他们容易满足而苛待之，就该都驱逐了换些人来干。”
陪驾诸臣都悚然答应了。
朱翊钧又对着太子郑重的说到：“尽管你刚才也站在城楼上，好像在他们的高处，但心里要知道百姓最贵重。皇帝要是不知道‘民为贵、社稷次之、君为轻’的道理，那就会把整个国家都带入衰亡的境地。”
太子适才见到了万众山呼的场面，也带着激动的心情回答：“儿臣牢牢的记住了。”