前说到雍正设立军需房以及后面的军机处，最初的动机也就是支援并直接只会西北的军事。
这次的敌人也是“噶尔丹”，不过叫噶尔丹策凌，是策妄阿拉布坦之子，清朝的官方呢，称呼他“准噶尔台吉”，他自己给自己的称号是“汗”。
关于准噶尔，可能读者了解甚少，西方的若干地理学家称呼新疆北部，一般称呼为“准噶尔哩亚”（djgaria）。
准噶尔原本不过是新疆北部的四个卫拉特（irat）之一，其他三个卫拉特分别是和硕特、土尔扈特以及杜尔伯特。准噶尔占领了那边最为肥沃的地方——伊犁一带，并且在明末的时候，就直接把土尔扈特部从塔城的附近赶走，迁往了俄国境内的伏尔加河附近。剩下的两个卫拉特呢，也是无法和准噶尔为敌。
康熙年间，准噶尔的首领就是噶尔丹，比雍正时期的噶尔丹策凌少了“策凌”二字。噶尔丹当年被死于康熙的三次征伐，他当年之所以自杀，是因为侄子兼仇人策妄阿拉布坦早就已经“归降”了康熙，于是在康熙的支持下，奇袭了准噶尔老家，弄得他兵败后又无法回去。
策妄阿拉布坦也确实是“妄”，相当的狂妄，他居然派了个大将策凌敦多卜驻扎在拉萨，这策凌敦多卜后来被岳钟琪赶走了。
按理说，吃了这次大亏，策妄阿拉布坦也应该收敛收敛，但他确实对得起“妄”这个字，就是不死心，又策划着教唆青海和硕特部的领袖罗卜藏丹津对清朝造反。结果这个罗卜藏丹津又被年羹尧指挥的岳钟琪打的抱头鼠窜，连妻子儿女都弃了，化妆成了个老太婆，逃去新疆请求策妄阿拉布坦的保护。策妄阿拉布坦让他住在伊犁，以此来对他进行保护，雍正向他索要罗卜藏丹津，要求“引渡”回去，被他拒绝，雍正大怒，但无可奈何，只能作罢。
策妄阿拉布坦在雍正五年的时候病死，领袖的地位由儿子噶尔丹策凌继承。雍正是看不起这个小年轻的，想要出兵攻打，朝中很多大臣都反对，但张廷玉却表示极为赞成。
雍正调集了五万精兵，交给了傅尔丹，浩浩荡荡的开往了外蒙的科布多，由西北路进攻准噶尔，傅尔丹的名义是靖边大将军，是开国元老、努尔哈赤五大臣费英东的后裔。
雍正给他的五万精兵里，有六千是“京师八旗兵”，九千是“车骑营兵”，八千八百名是奉天等处的兵，此外还有科尔沁与土默特各旗的兵。
雍正不是一个穷兵黩武的人，但这次对于傅尔丹的出征，却是好好筹备和铺张了一番，比如特地在太和殿为傅尔丹实行了“授钺礼”，又先去太庙祭祀祷告，再去南苑检阅了一番。足可见雍正对于这次出征的重视度。
傅尔丹到了阿尔泰山麓，想要一鼓作气，活捉罗卜藏丹津。雍正让军机处下令，让他切不可轻进，并且把他和驻巴里坤的“宁远大将军”岳钟琪一起，在雍正八年召回北京，“面授机宜”。
雍正九年六月，傅尔丹抓住了一个准噶尔的间谍，这个间谍说，噶尔丹策凌已经派出了三万士兵，要向科布多进攻，其中的一个将领是策凌敦多卜的儿子，这个小策凌敦多卜已经到达了一个叫“察罕哈达”的地方。
傅尔丹听到消息后，很是兴奋，在六月庚子这一天，向察罕哈达出发。走到了雅克萨河边，又捉到了一个准噶尔的哨兵，哨兵又说“过了河，察罕哈达再走三天就可以到了，小策凌敦多卜的兵马还没有到齐，有一千人左右。”
傅尔丹迅速过了河，走了五六天，还是没有到察罕哈达，却又捉到了一个间谍，间谍说“两千准噶尔兵，在前面的傅克才岭”。
傅尔丹立即挥动大军，向傅克才岭进攻，遇到准噶尔的兵，两军拼杀，杀了四百多兵，其余的翻岭而走。
傅尔丹又把军队开到了附近的河泊，搜索周边的准噶尔兵，反而自己被几万名准噶尔的兵切成几段，予以个别包围。兵家大忌之中以分兵为最忌惮的，两军一共杀了三天，傅尔丹全军大败，逃出重围后，清点士兵，就只剩下了两千人左右。
军中包含了当时的全部满洲精锐，一战之后消耗殆尽。
雍正得知前方战报，大哭了一场，平复情绪后，传旨给傅尔丹“倘若科布多不能守，不妨撤退回来”。为了安全起见，这个时候雍正其实也调集了大量士兵去科布多增援。
雍正把傅尔丹的靖边大将军名义颁给了顺承郡王锡保，叫傅尔丹以“掌振武将军印”的名义，接替锡保的振武将军位置，受锡保指挥。
第二年，准噶尔派兵来攻打科布多，锡保命令傅尔丹带领三千人前去抵抗，又吃了败仗，雍正原谅了他，叫他继续留在军前效力。
到了雍正十三年，有人犯了贪污案件，傅尔丹受到牵连，押解到北京，结果雍正不久病死，没有来得及批准处斩傅尔丹，乾隆即位后，傅尔丹在乾隆二年被释放。
准噶尔的首领噶尔丹策凌在那次围击胜利之后，在同年秋天又进攻喀尔喀，结果被喀尔喀的多罗郡王、康熙的驸马名叫策凌的抵抗住。
需要提醒一下的是，这个策凌和噶尔丹策凌、还有策凌敦多卜、小策凌敦多卜的策凌都为同一个蒙古字。
雍正因策凌抵抗有功，封策凌为和硕亲王。
第二年，雍正十年，噶尔丹策凌又派了小策凌敦多卜带领三万士兵攻打策凌，在额尔德尼相遇，策凌大胜，小策凌敦多卜损失了三分之二的士兵，败逃。
因为锡保没有把握好时机将援助策凌的士兵搬到，导致小策凌敦多卜虽然战败，还是可以回到准噶尔。
有一位满人将军叫马尔赛，正好在追击小策凌敦多卜的残部，他在事先收到小策凌敦多卜的檄后，不仅不加理会，反而在敌军踉跄过境的时候，下令禁闭城门，不让自己的部队有所行动。
遇到这样的混账将军，手下的两个小将实在气不过，冒着军令带着一些士兵，杀出城去，杀了一千多准噶尔士兵。
事后，雍正获悉，立马派出了一位钦差，到军营将马尔赛正法。
锡保也因为前面的延误军机而丢掉了大将军的职位与亲王的爵位。
代替锡保的是平郡王福彭。名义上是“定边大将军”。
福彭继任后，没有什么战绩，在雍正十二年被召回，由隆科多的一个堂兄弟庆复继任。这个时候，雍正已经想要和噶尔丹策凌议和，而对方也顺势而为，上表称臣。于是阿尔泰山被明规定为准噶尔和喀尔喀之间的疆界。