正史中，脱古思贴木儿在大明的持续打击下，势力渐渐衰退。特别是在洪武二十一年，大将蓝玉帅十五万大军偷袭北和林，擒获脱古思贴木儿嫡系及官员家属七万余人。脱古思贴木儿仅仅带着数十人逃离战场，投奔了阿里不哥系的也速跌儿。
1388年也速迭儿杀死脱古思帖木儿，自己当上了蒙古大汗，称卓里克图汗。也速迭儿是元世祖忽必烈之弟阿里不哥的后裔。阿里不哥曾与忽必烈争夺皇位，最后失败。一百多年后阿里不哥的子孙也速迭儿起兵杀死了忽必烈的后代并作了大汗，这在蒙古汗统上是一件大事。因为在此之前，无论蒙古统治阶级内部的政治斗争如何激烈，忽必烈家族的汗权从来没有动摇过。也速迭儿袭杀脱古思帖木儿这件事表明，随着蒙古贵族退回草原，社会经济严重衰退，加之对明朝战争的失利，统治阶级内部的斗争更加激化了。
但是，耶速迪尔刚即汗位就离开人世；其子恩克卓里克图继位时间也同样很短。1393年，忽必烈系额勒伯克从阿里布哥系恩克卓里克图手中夺回了汗位，从而结束了耶速迪尔父子称汗的局面。然而在额勒伯克统治时期，阿里布哥系坤帖木尔举兵，杀死额勒伯克汗，汗位再次转到阿里布哥系手中。永乐元年(103年)，窝阔台（忽必烈与阿里布哥之叔父）系贵利赤又登上汗位。贵利赤汗的领地在甘肃河西一带，他为了占据和林，在阿鲁台太师的支持下同卫拉特部巴图拉(马哈木)丞相屡次作战。103年大败对方，占据兀鲁班答迷河流域，并不断向东南推进，曾一度控制了哈密，毒杀了明朝所封的忠顺王安克帖木儿。不久，贵利赤汗与太师右丞相马尔哈咱、太傅左丞相也孙台、太保枢密知院阿鲁台之间产生矛盾。也孙台被部下杀害，马尔哈咱往归卫拉特，阿鲁台迁居海拉尔河，贵利赤汗却又被部下所杀。
窝阔台后裔争夺汗位也绝非偶然。早在至正二十年(1360年)窝阔台系阳翟王阿鲁辉帖木儿就已经向忽必烈系汗位继承人妥欢帖木儿公开挑战，阿鲁辉帖木儿的举反虽然很快被镇压下去，但窝阔台系并没有因此放弃争夺汗位的斗争。贵利赤汗的即位，使窝阔台后裔终于在一时间如愿以偿。
108年(明朝永乐六年)，忽必烈系本雅史里在贵利赤汗旧臣阿鲁台太师支持下即汗位。本雅史里汗即位之前，由于战乱曾跑到帖木儿帝国避难。帖木儿死后，他离开撒马尔罕（今乌兹别克斯坦城市）前往蒙兀儿斯坦，10年在阿鲁台的支持下，回归蒙古本土即位。蒙古汗位由窝阔台系手中再次回到忽必烈系手中。本雅史里汗与知院阿鲁台，东面征服了兀良哈，西面控制着河西、哈密等地。卫拉特部马哈木为了保存自己势力，支持阿里布哥系德勒伯克即汗位。115年，马哈木等又拥立阿里布哥系额色即位。126年(明朝宣德元年)，合撒儿系阿岱在阿鲁台支持下夺取汗位，汗位由阿里布哥系转移到合撒儿系手中，蒙古皇族内部的斗争又增添了新的内容，由原先忽必烈系与阿里布哥系、窝阔台系之间的斗争，又增加了与合撒儿系的斗争。
瓦刺。就是蒙元时期的斡亦刺，居住在今蒙古西部和苏联境内的萨彦岭、唐努山一带，被称作西蒙古。成吉思汗时被分为四千户，在明代称四万户。明初统治瓦刺的首领叫猛可帖木儿，他死后，瓦刺由马哈木、太平、把秃字罗三人分领。当东部蒙古大汗由于遭受明朝的军事打击和统治阶级内讧而日益衰败时，战乱较少的瓦刺乘机崛起，企图夺取整个蒙古地区的统治权。在这场斗争中，瓦刺和东蒙古是对立的两方，而明朝扶此抑彼，起着推波助澜的作用。
西域诸地。在哈密、赤斤蒙古、沙州等八卫地区，也有不少蒙古族，一些卫的首领由蒙古贵族——元朝宗室后裔担任。西域诸地位于东西交通要道，与瓦刺、东蒙古、土鲁番、明朝都有着密切的政治、经济、军事关系，特别是哈密，各方势力曾为争夺它而展开长期和激烈的斗争。
在哈密以西有别失八里(今新疆吉木萨尔县北，后迁至伊犁河流域，更名亦力把里)和土鲁番，其统治者为察合台后裔，和明朝长期保持着朝贡关系。土鲁番向东扩展势力，曾三次占据哈密，与瓦刺、明朝都发生过战争。