3月初8日明神宗：朱翊钧，又以明内阁首辅：申时行，的奏请命令各衙门上疏言事，只能局限于本衙门的职责，并由各衙门的长官筛选择地进呈，不得直接进入。
为此言官们竞相互指责宫廷，攻而弹劾内阁压制，也是党争门户大兴之时！
月15日明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，再率绵甲兵五十人、铁甲兵三十人，出征建州左卫女真哲陈部，途中遇到界凡城、东佳城、巴尔达城、萨尔浒城、漠和城，四路联军一千人。
面对十倍于己的敌军让明建州左卫军民指挥使的五祖叔：爱新觉罗·包朗阿，长孙：爱新觉罗·札亲、和二孙：爱新觉罗·桑古里，均卸下身上的铠甲交给别人，自己则准备逃跑。
但被明建州左卫军民指挥使给拦下，并怒斥三人，并组织二弟明建州左卫军民指挥同知：爱新觉罗·穆尔哈齐、明建州左卫军民指挥使司千户：颜布禄、明建州左卫军民指挥使司副千户：兀凌噶，一起射杀敌军23人。
此战敌军虽多，但均害怕明建州左卫军民指挥使的勇猛，因此敌军们士气衰落纷纷溃逃，被明建州左卫军民指挥使一直追击到吉林崖附近大获全胜。
月1日明建州左卫军民指挥使获悉仇人，明苏克素浒河部图伦城主：佟佳·布录（汉名：尼堪外兰）居住在建州右卫军民指挥使司浑河女真部的鹅尔浑城后，立刻就率兵星夜兼程赶往该地。
连夜攻克了该城，但并未发现有明苏克素浒河部图伦城主的任何踪影，在登城瞭望远处时明建州左卫军民指挥使发现城外，逃窜的四十个人中，有一人疑似明苏克素浒河部图伦城主？
于是明建州左卫军民指挥使连忙领兵去追，射杀溃卒八人，吓得明苏克素浒河部图伦城主趁乱逃往辽东都指挥使司抚顺关，打算沿着官道过甲板城进入抚顺守御千户所。
这让后方追兵不敢轻易踏入大明领土，只得班师回到鹅尔浑城后，明建州左卫军民指挥使得知明苏克素浒河部图伦城主，已经被抚顺关的明军给保护起来，便派遣人员去向大明边官索要仇人。
原本以为会庇佑他的，谁知道明军将领见建州左卫军民指挥使司势力逐渐强大，而明苏克素浒河部图伦城主已毫无利用价值，便决定不再对其进行庇护。
随后同意让建州左卫军民指挥使司进入城内抓人。
明建州左卫军民指挥使命明建州左卫军民指挥使司百户：斋萨，率领四十个人前去抚顺关取明苏克素浒河部图伦城主首级，使得明苏克素浒河部图伦城主听到消息后，在城中四处躲藏。
眼见已无退路，梯子又被明军收回，才被明建州左卫军民指挥使司百户等人当场斩杀，提着头回去将首级献给明建州左卫军民指挥使邀功。
10月初5日，明礼部祠祭清吏司主事：卢洪春，接连上疏道“陛下自九月望后，连日免朝，前日又下诏说头眩体虚，暂罢朝讲，连祭太庙都遣官代行，今陛下年轻力壮，诸病症皆不应有，然不应有而有之，上伤圣母之心，下骇臣民之听，且废祖宗大典，臣不知陛下何以能自安。”
第二份奏折称“九月二十六日陛下传旨免朝时，已是议论纷纷，都说是陛下是自己骑马伤额，却引疾自讳，欺骗别人，果系骑马伤额，不过是一时娱乐所致，其害犹浅，如果像陛下自己说的是患病，那就是日夜作饮纵乐造成的，为害就深了！陛下千万不要以为自己身居九理，外廷就什么都不知道？陛下平日里遇到歌功颂德的必多喜，碰到劝谏的必多怒，一涉及到宫廷之事，立即严厉谴责，试问谁肯直言以触及讳忌？以生不测之祸，群臣们如此谨慎小心，敢怒不敢言，并非主上之福，望陛下以宗社为重，不要过饰非，掩人耳目。”
这两份奏折送上之后，明神宗勃然大怒当即命人拟旨治罪，遂予明礼部祠祭清吏司主事廷杖六十，革职为民。
明万历十五年公元158年3月初3日申时，河南承宣布政使司怀庆府修武县出现地震，有声自西北来，若雷沉而小。
戍时复震摇塌城垛鼓楼、碑亭房舍无数，获嘉未时地大震，声如雷，至夜二鼓又大震，波及到了卫辉府汲县、淇县、辉县，申时继续地震，有声如雷，城堞摧记，屋宇动摇，而开封府也是申时地震，城堤摧记。
接着开封府阳武县、封丘县、杞县、尉氏县、商水县，中牟县、新郑县、项城县、郾城县、汜水县、长垣县、卫辉府汲县、延津、浚县、滑县，怀庆府河内县、原武县、武陟县、孟县、温县，裕州，彰德府林县，乃至山西承宣布政使司潞安府长治县一带，都出现了房瓦动摇现象，户牗震响。
随后陵川地震，以及北直隶顺天府京师、大名府，等地夜复大震，宿鸟齐飞，数十个府州县同日俱震，震中烈度（I）VIII，震级六级。
3月26日大明龙虎将军兼漠南蒙古土默特部首领：孛儿只斤·扯力克，自称为第三代大明顺义郡王希望得到与大明的朝贡赠品。
然而漠南蒙古瓦剌奇喇古特（土尔扈特）三娘子：钟金·克兔哈屯，却把与大明互市的印信，交给了自己和夫君漠南蒙古土默特首领俺答汗：孛儿只斤·阿拉坦，所生的儿子：孛儿只斤·布塔施里，因此惹得新任的漠南蒙古土默特部首领大怒，决定发兵攻打。
但漠南蒙古土默特部众觉得这是在内斗，便联名上请求大明帝国册封新任首领。
最终朝廷经过商议决定封漠南蒙古土默特部首领为顺义郡王，其中明神宗赐婚把漠南蒙古土默特前任首领：俺答汗，妻子：三娘子，嫁与漠南蒙古土默特部新任首领，是为「忠顺夫人」各赐钱物有差。
此举使得漠南蒙古土默特部解除了危机，也让漠南蒙古土默特部忠顺夫人：钟金·克兔哈屯，继续掌握大权，实行与大明帝国的友好关系。
从6月23日开始，北直隶京畿地区连降大雨，官民房屋倒塌不计其数，居民被压死、溺死者亦不计其数，民饥困不堪。
6月29日，明神宗急忙令明顺天府府尹：周继，加意赈恤，贫困户每人发米五斗、银五钱，压死者，每人一石、银一两，伤者，米七斗、银七钱。
月10日南北各地相继发生旱涝，灾情严重，先是黄河决堤水淹河南承宣布政使司开封府，再到开封府、河南府陕州、灵宝县，府州县大雨不止，漂没人畜不计其数。
北直隶京畿通州三卫大风雨，漂损漕米八千一百七十三石。
月21日，江北蝗灾、陕西承宣布政使司大旱、江南大雨，据明户部右侍郎：孙丕扬，上奏称“黄河饥民食草木，陕西承宣布政使司富平县、蒲城县、同官县，等诸县皆食石头，今海内困于加派，请酌定岁用，清难裁之冗，息难支之民。”
明神宗见饥民以石为粮，立刻传令停止先年不时征取，并派遣官员分往各方进行救济。
明万历十六年公元1588年正月初9日，在湖广承宣布政使司黄州府蕲州有百姓：刘汝国，因之前参加梅堂军领导的农民造反事件，又在梅堂军首领：王安，被杀之后继任首领。
现在被明军追捕潜逃到了湖广承宣布政使司黄州府，与南直隶安庆府太湖县、宿松县，一带地区重新集结力量抗明，自称为「顺天安民王」。
恰好时值旱灾，饥民多数从之，队伍迅速发展到了数万人，以焚烧官府、驿站，劫掠富商乡绅田产粮食为生，用来救济广大饥民，并与官军展开殊死搏斗。
先后杀死明安庆卫指挥使：陈越、明黄州府判官：陈策，使得朝廷惶恐不安！遂命令湖广都指挥使司各地卫所和南直隶五军都督府调集大批军队，分兵进剿围攻梅堂军。
2月初3日，梅堂军首领：刘汝国，被明军围困在安庆府地区，让太湖县乡兵：张惟忠，给抓获献俘明军斩于安庆卫指挥所，部众二百五十余人全部遇难，此次梅堂军造反失败。
月21日晚上戌时，南直隶苏州府、松江府，等地东风怒卷，导致太湖水涨潮高达二丈，大风拔木仆屋，田禾皆被淹没。
月2日以后又有大雨经旬，昼夜不绝，禾苗腐烂庐舍漂没，居民大饥，复又起大疫，迫使米价暴涨，斗米白银二钱、斗麦白银一钱。
时人啖糠屑，以豆饼作粥，继而又以草根树木为食，饥民尸体甚多，饿殍填塞，街巷濠堑浮死遍野，舟船皆不能行，城内外积骸如山。
朝廷不得不下发南直隶各部衙门银，用来赈灾安民以定人心。
9月20日，因明甘肃总镇总兵：刘承嗣，约束太严，时常鞭挞部下，饷银又不按时供给，惹得部众遂反抗起事，持刀欲杀明甘肃总镇巡抚：曹子澄，以此来要挟陕西行都指挥使司都司府发放军饷。
朝廷得知后立刻罢免了明甘肃总镇巡抚：曹子澄，和明甘肃总镇总兵：刘承嗣，的官职发放去陕西行都指挥使司肃州卫边疆。
10月初日，明都察院右都御史兼总督河道：潘季驯，建议河防八事，上奏道“一；久任部臣，说水性有顺逆，河情有分合，地势有险夷，只有久任才能熟悉情况。二；责成长令，说理河如理家，今沿河州县长犹家长，调集夫役，备办物料，宜有专责，州府县官亦有总理之责。三；禁调官夫。四；预定工科。五；立法增筑。六；添设堤官。七；加帮填土。八；接筑旧堤。”
这八条治理黄河、长江，决堤之道均被明神宗批准录取。