张居正见了朱翊钧的批示，心中给朱翊钧点了赞，知道皇帝终于明白了他的意思，对日后展布改革事也多了些信心。
他的角度和朱翊钧截然不同，在他内心深处，恨不得把离间君臣、败坏国事的余懋学给宰了，以为乱政者戒。
然而，作为官之首，儒学门徒，张居正必须坚持大明朝的政治正确——御史、科道言论自由。
反之作为皇帝的朱翊钧，心里面是不想抓余懋学的，虽然其心可诛，但制衡之道也在这“可诛之心”上头，不然的话就把言官的操守看得太高了。
不管皇帝和首辅心里怎么想，令人无语的现实却是，想杀余懋学的一本本的上奏要保他；想轻轻放过余懋学的，却派锦衣卫将他从南京抓来，投入北镇抚司的大牢。政治的吊诡之处，即在于此。
首先被处置的，是“受贿妄言乱政”的王琢玉。锦衣卫拷掠不到两个时辰，王琢玉就如同竹筒倒豆子一般，把两淮盐商重金贿赂，买奏章杯葛晒盐之法的实情交代了出来。
说实话王琢玉做梦也想不到朱翊钧清楚知道以后晒盐法才是主流。他的想法和全体朝臣差不多，应该是某个希求媚上的中官向皇帝说了晒盐法之利，皇帝在深宫拍脑袋决策才大兴晒盐。
既然可被言语动之，也会被言语反之。王琢玉在奏章里煞费苦心，说自己访了老盐工，“为之哂笑”。心说以皇帝年龄，被人耻笑了还不恼？只要恼了，必派员查看，那时才是上下其手的时候——盐商所要的，不过是朝廷派出钦差而已。
可惜这价值三千两的一本，把自己栽了进去。锦衣卫顺藤摸瓜，把贿赂御史的盐商一股脑提溜出来，全部押进京受审。
朱翊钧行事不像武宗，常有混不吝的时候，不跟朝臣讲道理。他最擅长的是后世我军的破敌要义：全力突破一点，然后以点带面，接着迂回包围——偶尔条件成熟了还有中心开花大餐等等。盐政和京营兴革，最能体现他的治政特点。
此次从王琢玉身上打开缺口，还不大挖特挖的话，如何对得起自己身上这身皇帝皮。
盐政官商勾结，朱翊钧用脚指头想，都知道早成痼疾。在盐政改革即将推出的时候，不把这盐政官收拾稳当，谈何兴革。
被捕盐商哪里受得了被朱翊钧亲自调教、指点过的锦衣卫，没留任何外伤，北镇抚司已让盐商们求死不能。
盐商金某交代两淮盐司每年私吞余盐一万万多斤，超过两淮几十家盐场正盐产量的两倍半——都混在他们盐商持引销售的正盐内一起发卖，沿途钞关等关节早已被他们尽数打通。
这大雷爆出，让已成为锦衣卫同知的王通大喜过望，立即密奏朱翊钧。
这每年一亿多斤的余盐之利，被官、商和沿途地方官尽数瓜分，中央大员以“冰敬、炭敬”方式分利。朱翊钧虽对大明盐政腐败早有所料，但没想到他们干的如此奔放，命王通继续秘密深挖。
而后盐商王贡俞咬出户部盐司员外郎等明知两淮贩卖私盐之事，隐而不报，年收例银三千五百两，并有受托请超发盐引给勋贵之事，王贡俞是新进大学士王国光夹袋中私人，这里面的道道也不用多说。
王通取得供词，把证据链查的基本完整后，就领了密旨，近半数锦衣卫出动，把两淮都转盐运使司衙门和南直隶、安徽、江西、湖广、应天府的涉盐官员，包括户部盐司等官吏，几乎大半抓进了南苑专案营地跟盐商做伴。
行动虽然做不到后世那般保密，但在锦衣卫近年来严酷家法约束下，只跑了应抓基层官员十几个——高官也没有跑的，其余全数落网。
皇帝指挥锦衣卫的这一雷霆行动，把朝廷内阁以下所有官员全数打懵。为了做到行动的突然性，朱翊钧除了和张居正密议一次之外，宫内宫外无人得知。
偌大一个两淮所辖的盐政官几乎一扫而空——涉案人数很快超过八百多人。张居正虽然提前知道，但这般规模仍大出他意料之外。
他也顾不上营救余懋学来换好名声了，和吏部开了小会，紧急调派历年来的巡盐御史作为钦差，又就近从山东、南直隶、应天府、北直隶等盐运司抽调人手，来补空缺，一时间给朱翊钧擦屁股就忙的他手忙脚乱。
大案刚发时，全国其他盐运司主官个个吓得抽风，赶紧往账上回吐银子，做假账的同时还要烧档案，包括杀人灭口，转匿财产等事，忙的是面色憔悴，神经兮兮。后来见皇帝没有扩大打击面的意思，这才把心暂时放在肚子里。
等张居正和吏部紧急抽调人手到两淮，他们又个个弹冠相庆——各地盐运司成立以来，这官员比位置少的情况，还是头回经历，个个如在梦中。
为防止两淮动荡，朱翊钧下旨命操江御史何宽和应天巡抚都御史杨成分别带漕兵二千五百和南京守备兵三千，到杭州扎营，便于就近弹压。
随后又紧急起复被罢官的俞大猷为两淮巡盐提举，总理两淮盐丁事。负责安抚军心并操练巡盐兵丁，并剿灭闹事盐枭。
其实，朝廷大张旗鼓，雷霆一击，各大、小盐枭除非要反，谁敢作声？所谓的绿林好汉，粘上毛比猴都精，脑子进多少水才能给这些贪官污吏出头？个个偃旗息鼓，解散帮众，自家躲藏好才是正办。
锦衣卫随后抽调精干力量，继续深挖这些官员。朱翊钧始终在内宫掌着大局，每天要听一次“专案组”汇报。
他同时命锦衣卫在这些蠹虫身上多试验些审讯手段，进行数据分析整理，并尽快形成刑讯教材，大批量培训锦衣卫的刑讯高手。
到后来，盐商和官员也说不出新东西，但提供的证词都能作为佐证，终于给朱翊钧勾画出来以两淮盐司为核心的完整腐败网络，证据链条完整，各种旁证齐全。朱翊钧佯作大怒，将奏报发付廷议，命三法司会审。
等法司会审时，被锦衣卫折磨的灵魂升华，洗心革面的盐商和官员，个个争先恐后，你攀我咬，把大理寺众官惊得目瞪口呆。朱翊钧主政以来，真正意义上的大案——两淮余盐案，就从王琢玉的一本奏章上突破，震动朝野。
正可谓一波未平，一波又起，不过这后波因前波而来，直接把王琢玉、余懋学诏狱之事拍的无影无踪，到了七月末，朝野已无人关心两人死活。
百官所有精力都放在“两淮余盐案”上，四品以上包括御史科道官，每人手中一本活字印刷的《两淮余盐案官、商警示录》，内容触目惊心。
随着《警示录》的散布、传抄，里面的各种贿赂手段，让官场新嫩们大开眼界，心向往之。然而想想这么多的雅贿、俗贿、色贿、房地贿、贺喜贿、亲仆贿、典当贿、干股贿、借据贿、退休返利贿等等手段，都被拷掠的一干二净，众人都愁，如何开发新的贿种。